Y叔的包更新太频繁了，这个教程已经作废，请不要再照抄了，可以去我们论坛看新的教程：

　　clusterProfiler是业界很出名的YGC写的R包，非常通俗易懂，也很好用，可以直接根据cuffdiff等找差异的软件找出的差异基因entrez ID号直接做好富集的所有内容；

　　Bioconductor网站上面有关于它的介绍，按照上面说的方式来安装即可

　　diff_gene.entrez文件，是通过各种差异基因软件找出来的差异基因的entrez ID号列表，每一个ID号一行，几百个差异基因就几百行

　　看得懂R语言的都知道，这个代码输出了两个文件KEGG-enrich.csv和GO-enrich.csv，就是我们的GO和KEGG富集的结果，其中内容如下

　　GeneRatio：差异基因中与该Term相关的基因数与整个差异基因总数的比值

　　BgRation：所有（ bg）基因中与该Term相关的基因数与所有（ bg）基因的比值

　　GeneRatio：差异基因中与该Term相关的基因数与整个差异基因总数的比值

　　BgRation：所有（ bg）基因中与该ID相关的基因数与所有（ bg）基因的比值